一般石墨舟在工作100至150次后就應該進行清洗,這是由于石墨舟上的SiN會隨著工作次數的增加而增加，影響石墨舟的正常運用。
    在室溫條件下(<40°C)，將石墨舟的部件放入HF濃度(5–20%)的腐蝕槽內進行腐蝕。最好的濃度是10%，腐蝕時間為4~6小時。低濃度條件下，腐蝕槽會被發生的SiN顆粒污染，因而需求進行定期的過濾維護。濃度高于10%會對操作人員造成危險。全部部件應該被分隔放入腐蝕槽內并且不行相互接觸，這樣HF酸就可以腐蝕到任何部位，這關于石墨連接塊而言更為重要。
    在2號純水槽內將其用純水漂洗4~6小時。
    用PH-試紙檢查活動的水是不是中性的，有必要保證全部的蝕刻殘渣(SiF4)都現已被洗掉，任何蝕刻殘渣被帶入爐管都或許引起沾污或許工藝問題?？梢栽谑峡吹桨咨囊粚泳褪菤堅?，全部部件都有必要分隔放置這樣可以防止酸液殘留在其間。
    在85°C條件下，將分離的舟各部件烘干24小時。
    石墨像海綿相同可以蓄水并堅持比較長的時間;在100°C以上烘干或許是在未干的狀態下將其送入爐管會引起水的遽然氣化，這會使石墨破裂。將一個沒有徹底枯燥的舟放入爐管還或許導致爐門邊沿的腐蝕以及真空體系的過分堆積。
在提供的裝置臺大將舟裝置好。檢查有無危害。
    用CentroTherm提供的轉矩扳手(0.6Nm)擰緊陶瓷螺絲，石墨螺絲比較易碎，因而有必要用手小心擰緊。